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PIR功能

為了提高蛋白質預測和實驗數據之間的相互吻合度,PIR建立了一套系統,允許研究者們遞交、分類、提取文獻信息。PIR提供了在超家族、域和模體水平上的對蛋白的分類。PIR同時提供了蛋白的結構和功能信息,并給出了與其他40個數據庫之間的相互參考。PIR還提供了一個非冗余的蛋白質數據庫,包括從PIR-PSD,SWISS-PROT,TrEMBL,GenPept,PDB收集來的約800,000條序列,對每條序列給出了一個符合的名稱和相關文獻。為了提高數據庫的協同工作能力,PIR采用開發的數據庫框架,利用XML技術進行數據發布。
  除了蛋白質序列數據以外,PIR還包含以下信息:
 。1)蛋白質名稱、蛋白質的分類、蛋白質的來源;
 。2)關于原始數據的參考文獻;
 。3)蛋白質功能和蛋白質的一般特征,包括基因表達、翻譯后處理、活化等;
 。4)序列中相關的位點、功能區域。
  PIR提供三種類型的檢索服務:
 。1)基于文本的交互式查詢,用戶通過關鍵字進行數據查詢。
 。2)標準的序列相似性搜索,包括BLAST、FASTA等。
 。3)結合序列相似性、注釋信息和蛋白質家族信息的高級搜索,包括按注釋分類的相似性搜索、結構域搜索等。

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